اسناد و شواهد در ایران باستان نیز گویاى ا ین مطلب است که تشکیلاتى از سوى دولتها در ا ین خصوصترتیب داده شده بود. هخامنشیان ،اشکانیان و ساسانیان به عنوان دولتهایى مقتدرکه در پى هم سرزمینى وسیع را اداره مینمودند، از این تشکیلات برخوردار بوده اند شاهان ووزراء، خود در ا ین زمینه پیش قدم میباشند ، سنگ نبشته اى در فیروزآباد پارس ،گواه بر ایننظر است . مضمون ا ین کتیبه چنین میباشد:پل به فرمان مهر نرسه ورزگ فرماندار - براى آمرزش روانش و به هزینه خودش ساخته شد.
هر آن کس بر ا ین جاده پا میگذارد بر مهر نرسه و پسرانش درود بفرستد که ا ین پل را بر ا ین گذر ساخت و تا خداوند یاور اوست ،گناه و فریب از او دور باد.ظهور ادیان و به ویژه دین مبین اسلام ،وقف را معنایى روشن تر بخشیده رهنمودهاى قرآنکلام آ سمانى مسلمانان در تشویق انسانها به خیرات و نکوهش مال اندوزى و نیز عملکرد پیامبراسلام (ص ) و ائمه اطهار در ترویج ا ین سنت حسنه ،نقشى عظیم ا یفا نموده است .رونق یافتن ا ین امر،در شکوفایى اوضاع اقتصادى و اجتماعی کشورهاى اسلامى، تأثیرچشمگیرى داشت . موقوفات به عنوان ثروتهاى عمومى و منبع درآمدى براى عموم مردم موردتوجه حکام و دولتها قرارگرفته و به صورت نهادین درآ مد .
با تصویب قانون ا یجاد وزارت معارف و اوقاف و صنایع مستظرفه در سال 1289 ه.ش امور موقوفات زیر نظر مسئولان ا ین وزارتخانه قرارگرفت و مسئولان ادارات معارف درشهرستانها عهده دار انجام امور موقوفات محل خدمت خود شدند .از زمان به قدرت رسیدن رضاخان جریان اداره موقوفات وارد مرحله جدیدى شد . املاک واراضى حاصلخیز موقوفى به نام وابستگان و درباریان ثبت میگشت و بخشى از موقوفات نیز درقالب اصلاحات ارضى جدا شده و موارد مصرف آ نها تغییر یافت .
با ا ین حال در دى ماه 1313ه.ش قانون جدید اوقاف مشتمل در ده ماده تهیه شه که آ یین نامهآن در سال 1313ه.ش به تصویب هیئت دولت رسید . تا سال 1328 اداره اوقاف در مرکز(تهران) از اداره فرهنگ مستقل بود اما در شهرستانها یک نفر ریاست فرهنگ و اداره اوقاف رابرعهده داشت و از ا ین پس مسئولین ادارات فرهنگ و اوقاف در شهرستانها نیز به صورت مستقل تعیین شده و انجام وظیفه مینمودند.
در پانزدهم آ ذر ماه 1343 ه _ش با تصویب قانون تفکیک وزارت فرهنگ، تشکیلاتسازمان اوقاف صورتقانونى یافته و به موجب ماده چهار این قانون تحت نظارت دفترنخست وزیر قرار گرفت . به دنبال تشکیل سازمان اوقاف، اداره کل اوقاف با بودجه مصوب وکارمندان آن از وزارت فرهنگ منتزع و به سازمان مذکور ملحق شد. سرپرستى این سازمان بامعاونت نخست وزیر بود. در قانون ، وزارت فرهنگ از شورایى با نام (شوراى عالىاوقاف ) نیز پیش بینى شده بود.
با پیروزى انقلاب اسلامى ا یران وقف و اوقاف فلسفه د یگرى یافت و بسیارى از موقوفات احیاء گشته و درآمد آنها صرف نیات واقفین با صبغه فرهنگ مذهبی گردید. چنان که امام خمینىدر این مورد فومدند : اگر تبلیغات دولت رایج شود خواهید دید که از همین نذر و وصیتو وقف چه خدمتهایى به کشور و توده مردم میشود و بى شک نیمى از اداره کشور را این گونهچیزها میچرخاند.پس از انقلاب اسلامى، تحول نظام ادارى اوقاف همچنان مسیر خود را ادامه داد چنانکهشوراى قبلى تحت عنوان شوراى مرکزى اوقاف در تشکیلات سازمان مذکور مورد تجدید نظرو بررسى قرار گرفت و با توجه به ضرورت و نیازهاى آ ن دوران پرتب و تاب و حجم وظایف ونوع مسئولیت ، طرح جدید سازمان مرکزى اوقاف تدوینگردید که در تاریخ28/6/1358 بهتأیید سازمان امور ادارى و استخدامی کشور رسید.
براساس مجموعه تشکیلات جدید، سرپرست منتخب سازمان از سوى ولی فقیه در تصدىامورى که متوقف بر اذن ولى فقیه میباشد مجاز است . همچنین سازمان داراى پست قائم مقام و معاونت به شرح زیر است :
1 - معاونت امور فرهنگى.
2 - معاونت امور اوقافى و خیریه .
3 - معاونت ادارى و مالى و امور مجلس
4 - معاونت عمران و شناسایى موقوفات .
لازم به ذکر است که تا سال1370 این سازمان به نام سازمان حج و اوقاف و امور خیریه بودو از تاریخ مذکور تا به امروز براساس مصوبه شوراى عالى ادارى سازمان حج از آ ن منفک واوقاف عنوان سازمان اوقاف وامور خیریه را بر خود گرفته است .